Joakim Skovgaard war der älteste Sohn des Landschaftsmalers und Professors an der Königlich Dänischen Kunstakademie P.C. Skovgaard und dessen Frau Marie Louise Georgia Schouw (1828–1868), der Tochter des Professors Joakim Frederik Schouw, einem Botaniker und Politiker.
Der Vater zählte zu den wichtigsten Malern des Goldenen Zeitalters Dänemarks (den danske guldalder) und war eng befreundet mit dem Dichter, Philosophen und Pfarrer N. F. S. Grundtvig. In der Tradition seines Vaters wurde auch Joakim schon im Kindesalter im Malen und Zeichnen unterrichtet. Skovgaard besuchte von 1871 bis 1876 die Kopenhagener Königlich Dänische Kunstakademie, privat unterstützt von dem Landschaftsmaler Janus la Cour (1837–1909), einem Freund der Familie. 1878 hatte er sein Debüt auf der Charlottenborg Frühjahrs-Ausstellung (Forårsudstilling) mit Faareklipning på Lolland (Schafschur auf Lolland). Im Winter 1880/1881 war er zu weiteren Studien im Atelier von Léon Bonnat in Paris und wurde in dieser Zeit vom Realismus beeinflusst.
Von 1882 bis 1884 besuchte er Italien. Mit einem großen Reisestipendium der Akademie versehen, konnte er von 1886 bis 1887 erneut Italien und Griechenland bereisen, unter anderem begleitet von Kristian Zahrtmann. In dieser Zeit kam die endgültige Befreiung vom Einfluss des Vaters und das Interesse am Symbolismus, in Rom wurde er zudem durch den impressionistischen Ansatz der Malerei von Theodor Philipsen beeinflusst.[1]
Ab 1884 experimentierte er mit dekorierender Keramik. Er entwarf Keramiken für die Werkstatt von Johan Wallmann (1831–1923) in Utterslev (Kopenhagen), wo er mit Thorvald Bindesbøll bekannt wurde. Seine Entwürfe wurden später zu Skulpturen, die er teils in Zusammenarbeit mit Bindesbøll realisierte, darunter den Bjørnespringvandet (1900) und den Dragespringvandet (1904) am Rathaus von Kopenhagen.[1]
Im Jahre 1891 war Skovgaard ein Mitbegründer von Den Frie Udstilling (Freie Ausstellung) – einer dänischen Secession – aus Protest gegen die Zugangsbestimmungen zu der etablierten Charlottenborg-Ausstellung. Ab den 1890er Jahren war er hauptsächlich mit der Ausgestaltung des Domes in Viborg beschäftigt, für den er in den folgenden Jahren die gesamte Ausmalung mit Fresken und Deckengemälden realisierte (siehe unten). Zu seinen letzten großen Arbeiten gehörte 1921–27 die Gestaltung des Apsismosaiks im Dom zu Lund, Schweden, unter Mithilfe von Agnete Varming (1897–1983), Elof Risebye (1892–1961) und Hugo Gehlin (1889–1953). Die Dekoration von zwei Hochzeitshallen im Kopenhagener Rathaus ab 1926 wurde unter Leitung seines Sohnes Johan Thomas abgeschlossen.
Joakim Skovgaard war von 1909 bis 1921 Professor für dekorative Kunst an der Kopenhagener Kunstakademie und deren Präsident von 1920 bis 1924. Daneben war er Mitglied der Stockholmer Kunstakademie ab 1915 und der Helsinkier Kunstakademie ab 1931. Er war Ritter des Dannebrogordens. Nach seinem Tod wurde er auf dem Assistens Kirkegård in Kopenhagen beerdigt.
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